Для установки certboot запустите

docker-compose -f agis-certboot.yml up

В реузльтате будут установлены сертификаты. Не забудьте предоставить доступ по 80 порту. При этом используйте для nginx конфигурационный файл default.conf

agis-certbot | Saving debug log to /var/log/letsencrypt/letsencrypt.log
agis-certbot | Plugins selected: Authenticator webroot, Installer None
agis-certbot | Obtaining a new certificate
agis-certbot | Performing the following challenges:
agis-certbot | http-01 challenge for your.domain
agis-certbot | http-01 challenge for www.your.domain
agis-certbot | Using the webroot path /var/www/certbot for all unmatched domains.
agis-certbot | Waiting for verification...
agis-certbot | Cleaning up challenges
agis-certbot | IMPORTANT NOTES:
agis-certbot |  - Congratulations! Your certificate and chain have been saved at:
agis-certbot |    /etc/letsencrypt/live/info-sec.kz/fullchain.pem
agis-certbot |    Your key file has been saved at:
agis-certbot |    /etc/letsencrypt/live/info-sec.kz/privkey.pem
agis-certbot |    Your cert will expire on 2021-02-15. To obtain a new or tweaked
agis-certbot |    version of this certificate in the future, simply run certbot
agis-certbot |    again. To non-interactively renew *all* of your certificates, run
agis-certbot |    "certbot renew"
agis-certbot |  - If you like Certbot, please consider supporting our work by:
agis-certbot |
agis-certbot |    Donating to ISRG / Let's Encrypt:   https://letsencrypt.org/donate
agis-certbot |    Donating to EFF:                    https://eff.org/donate-le
agis-certbot |
agis-certbot exited with code 0

Конфигурационный файл default.conf:

server {
     listen [::]:80;
     listen 80;

     server_name your.domain www.your.domain;

     location ~ /.well-known/acme-challenge {
         allow all;
         root /var/www/certbot;
     }
}

В дальнейшем, для обновления сертификатов внесите измения в agis-certboot.yml (–force-renewal):

version: "3.3"
services:
  certbot:
    image: certbot/certbot:latest
    container_name: agis-certbot
#    command: certonly --webroot --webroot-path=/var/www/certbot --email your@mail.com --agree-tos --no-eff-email -d your.domain -d www.your.domain
    command: certonly --webroot --webroot-path=/var/www/certbot --email your@mail.com --agree-tos --no-eff-email --force-renewal -d your.domain -d www.your.domain
    volumes:
      - ./certbot/conf:/etc/letsencrypt
      - ./certbot/logs:/var/log/letsencrypt
      - ./certbot/data:/var/www/certbot
networks:
  default:
    external:
      name: agis-net

После успешной проверки, будут созданы следующие сертификаты в папке /etc/letsencrypt/live/[имя домена]:

privkey.pem — приватный ключ для сертификата
Используется Apache для SSLCertificateKeyFile и nginx для ssl_certificate_key.

cert.pem (сертификат сервера)
Используется Apache для SSLCertificateFile.

chain.pem (сертификат цепочки)
Он же используется Apache для SSLCertificateChainFile.

fullchain.pem (соединение chain.pem и cert.pem)
Он же используется nginx для ssl_certificate.

Проверим полученный сертификат

Убедимся что полученный сертификат — именно тот, что нам нужен:

# openssl x509 -text -in /etc/letsencrypt/live/example.com/cert.pem
Certificate:
    Signature Algorithm: ...
      Validity
        Not Before: Jan  3 06:00:00 2017 GMT
        Not After : Apr  3 06:00:00 2017 GMT
        X509v3 extensions:
            ...
            X509v3 Subject Alternative Name: 
                DNS:example.com, DNS:www.example.com

Или, если подробности вам не нужны:

cat /etc/letsencrypt/live/*/cert.pem | openssl x509 -text | 
        grep -o 'DNS:[^,]*' | cut -f2 -d:

Команда должна вывести список доменов в сертификате.

How to Install Nginx and Let’s Encrypt with Docker – Ubuntu 20.04